对受益人的作用：为其提供了一种有效的风险保障机制。在交易或项目中，受益人往往面临着申请人不履行义务的风险，保函的存在使得受益人在申请人违约时能够通过向担保人索赔来获得经济上的补偿，从而保障其合法权益。
预付款金额调整：当预付款金额发生变化，可能影响保函风险和期限合理性，双方可协商调整期限。比如预付款金额增加，受益人可能要求延长保函期限以保障资金。
从合同履行角度看
预付款使用期限只是预付款在合同中规定的用于特定事项的时间范围，但合同的履行可能存在后续的验收、质保等多个阶段。例如在工程建设项目中，预付款可能在工程前期用于施工准备等工作，但工程竣工后还有验收环节，如果发现质量问题需要整改，而申请人拒绝承担责任，此时受益人可能需要动用预付款保函来保障自身权益，这种情况下预付款保函期限超过预付款使用期限是合理且必要的，以确保合同的履行。
从法律规定角度看
只要预付款保函期限的约定是在法律法规允许的范围内，且是合同双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等违法违规情形，那么保函期限超过预付款使用期限是合法有效的，受到法律的保护。我国《民法典》等相关法律法规尊重当事人的意思自治，允许合同双方根据实际情况协商确定保函期限等条款。