短期情况：一般为 30 天至 90 天。比如在一些简单的货物采购交易中，如果预付款主要用于供应商进行原材料采购等前期准备工作，且整个交易周期较短，预付款保函期限可能设定为 30 天至 60 天；在一些常规的小型工程项目中，预付款用于施工方进场筹备等工作，期限可能在 60 天至 90 天。
预付款金额调整：当预付款金额发生变化，可能影响保函风险和期限合理性，双方可协商调整期限。比如预付款金额增加，受益人可能要求延长保函期限以保障资金。
项目进度调整：若项目提前或推迟完成，预付款的返还或抵扣时间也会相应变化，此时可协商调整保函期限。如项目提前完工，预付款提前抵扣完毕，可协商提前终止保函期限。
从法律规定角度看
只要预付款保函期限的约定是在法律法规允许的范围内，且是合同双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等违法违规情形，那么保函期限超过预付款使用期限是合法有效的，受到法律的保护。我国《民法典》等相关法律法规尊重当事人的意思自治，允许合同双方根据实际情况协商确定保函期限等条款。